Définition des bactéries multi-résistantes (BMR)
La résistance des bactéries aux antibiotiques constitue un problème majeur de santé publique. La dissémination des BMR au sein de la population est à l’origine d’une augmentation considérable de la morbidité, de la mortalité, ainsi que du coût d’hospitalisation [41]. Les BMR sont des organismes vivants résistants aux antibiotiques. Une bactérie est dite multi-résistante aux antibiotiques lorsque du fait de l’accumulation de résistances acquises à plusieurs familles d’antibiotiques, elle n’est plus sensible qu’à un petit nombre de molécules utilisable en thérapeutique [41, 51]. La multirésistance est une étape vers l’impasse thérapeutique, en raison des mécanismes de résistance impliquée, de leur caractère, leur fréquence élevée, leur potentiel pathogène, leur caractère commensal qui expose au risque de diffusion, et leur caractère clonal ou du caractère aisément transférable de leur gêne. Les principales bactéries qui sont considérées comme des BMR sont : S. aureus résistant à la méticilline (SARM), les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE), A. baumannii et P. aeruginosa.
Inactivation enzymatique de l’antibiotique
La bactérie synthétise une enzyme qui inactive les antibiotiques. Le type d’enzyme synthétisé dépend de l’antibiotique. Pour chaque famille d’antibiotique, on note une enzyme correspondante. Par exemple pour la famille des bétalactamines ; la résistance à cette famille est liée à la synthèse de bêtalactamases dont il existe plusieurs centaines de types qui sont proposés selon la classe d’antibiotique ciblée [1]. On a :
les pénicillinases où on note :
les pénicillinases de type S. aureus qui sont sécrétées aussi par la plupart des bacilles à Gram négatif dont K. pneumoniae.
Les BLSE
Elles sont mises en jeu par les bacilles à Gram négatif (BGN).
Les “Temoniera Resistant Inhibitor” (TRI) sécrétées par E. coli, ces enzymes inhibent les pénicillines A, G et V. Leur synthèse est sous la dépendance des plasmides. En pratique, on lutte contre ces enzymes par l’utilisation des oxapénames (acide clavulanique), ou des pénicillines.
Les céphalosporinases
Il en existe deux types :
les céphalosporinases de bas niveau (faible production)
les céphalosporinases de haut niveau (forte production)
Elles inactivent l’ensemble des bêta-lactamines. La synthèse de ces enzymes est génétiquement dépendante du noyau. Contrairement aux pénicillinases, ces enzymes ne sont pas neutralisées par les oxapénames et les pénicillines.
Autres classes d’antibiotiques [3]
Les aminosides :
Il existe trois classes d’enzymes qui sont responsables de la dénaturation de ces antibiotiques. Les principales classes sont :
o Les aminosides phosphotransfèrases (APH) dont La résistance à cette famille est liée à la production d’estérases, de phosphotransfèrases, d’acétyltransférases et de nucléotidyltransférases.
o Les aminosides nucléotides transférases (ANT)
o Les aminosides acyl transférases (AAT)
Mécanismes de résistances des SARM
La recrudescence et la diffusion globale de souches de SARM dites communautaires chez des patients ne présentant pas de facteurs de risques habituels de portage du SARM (antécédents récents d’hospitalisation ou de chirurgie, séjour dans un établissement de long séjour, dialyse, dispositifs intravasculaire et sonde urinaire à demeure) constituent un problème majeur de santé publique. Cette résistance résulterait de l’acquisition de cassettes SCC mec de type 4 et 5, d’ilôt de pathogénicité SaPI3 et du bactériophage SA2 par les souches des staphylocoques dans leur évolution à partir de souches communautaires invasives SASM476 [68]. Leur virulence est principalement liée à la production d’une toxine : la leucocidine de Panto-Valentine codée par les bactériophages [33]. Plusieurs auteurs ont démontré que les souches de SARM-C ont acquis leur résistance par évolution de classes SASM possédant les gènes de la PVL par insertion de Sccmec [33, 68]. Les souches de SARM-C différent des souches de SARM-H (SARM hospitaliers) sur plusieurs plans à la fois microbiologiques et épidémiologiques. Les souches de SARM-C appartiennent à des lignées phylogénétiques distinctes ; cinq sont actuellement retrouvées dans le monde. Il s’agit de ST1-IV, ST8-IV, ST30-IV, ST59-IV et ST80-IV [21].
Mécanismes de résistance d’A. baumannii
La résistance naturelle d’A. baumannii à de nombreux antibiotiques est le résultat d’une faible perméabilité membranaire de l’expression constitutive des systèmes d’efflux (AdeABC) [2], de la production de bêta-lactamases telle que les céphalosporinases chromosomiques Ampc (inactives sur la céfixime et les carbapénèmes) et OXA51/69 (classes D de AMBLER, oxacillinase) avec une activité de carbapénèmes. Les systèmes d’efflux ont été bien caractérisés chez A. baumannii. Ils assurent l’expulsion de la cellule bactérienne des aminoglycosides, du céfotaxime, des tétracyclines, de l’érythromycine, du chloramphénicol, du triméthoprime et des fluoroquinolones. En termes de résistances acquises, celles relatives aux carbapénèmes impliquent principalement les bêta-lactamases de type OXA (OXA-23, OXA-24, OXA-48, OXA-58) (figure 2) et plus modestement les métallo-bétalactamases de type IMD, VIM et SIM [24]. Par ailleurs, cette résistance aux antibiotiques de type carbapénèmes peut aussi être liée à la perte de porines ou à la surexpression de systèmes d’efflux qui travaillent de concert avec les bêta-lactamases et cela confère à Acinetobacter une résistance à une grande variété d’antibiotique [35]. A la différence des céphalosporinases Ampc retrouvées chez les autres bactéries gram négatif, celle d’A. baumannii n’est pas inductible, sa surexpression implique l’élément génétique ISAba1. En outre, des bêtalactamases de la classe d’AMLER ont été identifiées, notamment les types TEM, SAV CTX-M, PER-1 et VEB-1. L’évaluation de leur contribution est délicate à cause de la difficulté de détection en laboratoire notamment en présence d’Ampc. La résistance aux quinolones est liée en partie à des gènes [61].
Epidémiologie des entérobactéries productrices de bêtalactamases à spectre étendu
De nombreuses études menées par les unités de recherches en bactériologie témoignent la dissémination quasi-mondiale des souches d’entérobactéries multi-résistantes. L’incidence varie considérablement selon les pays, les structures de santé et le lieu de prélèvement [14]. Ces entérobactéries étaient pour la plupart des hôtes normaux de l’intestin de l’homme et des animaux et représentent la majorité de la flore intestinale aéro-anaérobie. Chez l’homme, l’entérobactérie prédominante est E.coli. Parmi les nombreuses espèces d’entérobactéries, certaines sont trouvées dans l’environnement d’autres chez les végétaux dont certains présentent un pouvoir phytopathogène. Aujourd’hui, certaines espèces qui peuvent être isolées chez l’homme comme Shigella sont constamment pathogènes ; d’autres espèces se comportent comme des pathogènes opportunistes comme par exemple le Klebsiella spp [14]. En effet, K. pneumoniae a été décrite comme étant responsable de nombreuses épidémies nosocomiales et la fréquence des souches hospitalières productrices de bêtalactamases dépend de beaucoup de facteurs et peut beaucoup varier [73]. Des études, menées en 2011 à Dakar au niveau du laboratoire de bactériologie de l’hôpital Aristide Le Dantec, avaient montré que K. pneumoniae représentait 22,7% des entérobactéries testées. La majeure partie des souches de K. pneumoniae productrices de BLSE était d’origine nosocomiale contre 25% d’origine communautaire. Ces souches étaient surtout isolées chez les patients hospitalisés dans les unités de soins intensifs [14]. L’épidémiologie des EBLSE a été profondément modifiée par l’émergence puis la large dissémination des souches E. coli productrices d’enzyme de type CTX-M [73]. En outre, quatre grands groupes phylogéniques ont été caractérisés chez E. coli ; ce sont : A ; B1 ; D ; B2. Les souches des deux premiers groupes n’hébergeant aucun ou très peu de facteurs dits de virulence par rapport aux deux derniers, notamment à B2. Au plan infectieux, on distingue les souches E. coli spécifiquement responsables d’infections digestives de celles responsables d’infections extradigestives par deux grands types de processus physiopathologique : migration vers les muqueuses urogénitales ou translocation du tube digestif via les ganglions mésentériques vers le sang [34]. E. coli réside dans le tube digestif de l’homme et occasionne chez l’hôte des infections urinaires, des bactériémies, des infections d’ascite, des abcès hépatiques voire des infections maternofœtales. En effet, de nombreux facteurs influent sur les conditions de vie dans cette niche écologique. Parmi eux les antibiotiques, qu’ils soient données par voie orale (avec ou non une diffusion systémique) ou qu’ils soient donnés par voie parentérale favorisent la sélection d’isolats de E. coli résistants dans le tube digestif [41-60]. Secondairement éliminé via les fèces, ces E. coli réintègrent leur lieu résidentiel via l’alimentation ou par transmission croisée oro-fécal. Les principaux facteurs de risques identifiés étaient alors l’hospitalisation en service de réanimation, le sondage urinaire, la présence de cathéters, une hospitalisation prolongée et l’utilisation antérieure d’antibiotiques tels que les céphalosporines et les aminosides [45, 53].
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
Chapitre I : Généralités sur la multirésistance aux antibiotiques
I.1. Définition des bactéries multi-résistantes (BMR)
I.2. Les mécanismes de la résistance bactérienne aux antibiotiques
I.2.1. Modification de la perméabilité de la bactérie
I.2.2. Altération de la cible des antibiotiques
I.2.3. Inactivation enzymatique de l’antibiotique
I.2.4. L’efflux
Chapitre II : Les bactéries multi-résistantes impliquées dans les infections nosocomiales et communautaires
II.1. S. aureus résistant à la méticilline (SARM)
II.1.1. Généralités
II.1.2. Mécanismes de résistances des SARM
II.1.3. Epidémiologie de S. aureus
II.2. Acinetobacter baumannii
II.2.1. Généralités sur A. baumannii
II.2.2. Mécanismes de résistance d’A. baumannii
II.2.3. Epidémiologies globales d’A. baumannii
II.3. Les entérobactéries productrices de bêta-lactamase à spectre étendu (EBLSE)
II.3.1. Généralités
II.3.2. Mécanisme de résistance des EBLSE
II.3.3. Epidémiologie des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu
II.4. Pseudomonas aeruginosa
II.4.1. Généralités sur P. aeruginosa
II.4.2. Mécanismes de résistance de P. aeruginosa aux antibiotiques
II.4.3. Epidémiologies globales de P. aeruginosa
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
Chapitre I : Présentation de notre cadre d’étude
I.1. CHNU Aristide Le Dantec
I.2. Le laboratoire de bactériologie-virologie
I.2.1. Les différentes unités du service de bactériologie-virologie
I.2.2. Présentation de l’unité de bactériologie
I.2.2.1. L’accueil
I.2.2.2. La salle d’attente et la salle de prélèvement
I.2.2.3. Le laboratoire de bactériologie proprement dit
I.2.2.4. La salle de stérilisation
Chapitre II: Matériel et méthodes
II.1. Souches bactériennes
II.1.1. Souches à tester
II.1.2. Souches de références
II.2. Traitement des produits pathologiques au laboratoire
II.3. Identification des BMR
II.4. Antibiogramme
II.4.1. Matériels et réactifs
II.4.1.1. Matériel
II.4.1.2. Réactifs
II.4.2. Principe de l’antibiogramme
Chapitre III : Résultats
III.1. S. aureus résistant à la méticilline (SARM)
III.1.1. Prévalence des SARM
III.1.1.1. Prévalence globale
III.1.1.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.1.2. Répartition des SARM en fonction de l’âge
III.1.3. Distribution des SARM en fonction du sexe
III.1.4. Distribution des SARM en fonction de l’origine
III.1.4.1. Prévalence globale
III.1.4.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.1.5. Distribution en fonction du service d’accueil
III.1.5.1. Prévalence globale en fonction du service d’accueil
III.1.5.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.1.6. Distribution en fonction des produits pathologiques
III.1.6.1. Prévalence globale
III.1.6.2. Evolution de prévalence entre 2011 et 2013
III.2. A. baumannii multi-résistantes
III.2.1. Prévalence des souches multi-résistantes
III.2.1.1. Prévalence globale
III.2.1.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.2.2. Distribution des souches BMR en fonction de l’âge
III.2.3. Distribution des souches BMR en fonction du sexe
III.2.4. Distribution des BMR en fonction de l’origine
III.2.4.1. Prévalence globale
III.2.4.2. Evolution de la prévalence en entre 2011 et 2013
III.2.5. Distribution en fonction du service
III.2.5.1. Prévalence globale en fonction du service
III.2.5.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.2.6. Distribution en fonction des produits pathologiques
III.2.6.1. Prévalence globale en fonction des produits pathologiques
III.2.6.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.3. P. aeruginosa multi-résistantes
III.3.1. Prévalence des souches multi-résistantes
III.3.1.1. Prévalence globale
III.3.1.2. Evolution de la prévalence entre 2011-2013
III.3.2. Répartition en fonction de l’âge
III.3.3. Distribution en fonction du sexe
III.3.4. Distribution en fonction de l’origine
III.3.4.1. Prévalence globale
III.3.4.2. Evolution de la prévalence entre 2011-2013
III.3.5. Distribution en fonction des services
III.3.5.1. Prévalence globale
III.3.5.2. Répartition en fonction des années
III.3.6. Distribution en fonction des produits pathologiques
III.3.6.1. Prévalence globale
III.3.6.2. Evolution de la prévalence entre 2011-2013
III.4. les entérobactéries sécrétrices de BLSE
III.4.1. Prévalence des EBLSE
III.4.1.1. Prévalence globale
III.4.1.2.Evolution de la prévalence entre 2011-2013
III.4.2. Distribution des entérobactéries BLSE en fonction de l’âge
III.4.3. Distribution en fonction du sexe
III.4.4. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction de l’origine
III.4.4.1. Prévalence globale
III.4.4.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.4.5. Distribution des entérobactéries sécrétrices de BLSE en fonction du service d’accueil
III.4.5.1. Prévalence globale
III.4.5.2. Evolution entre 2011-2013
III.4.6. Distribution en fonction des produits pathologiques
III.4.6.1. Prévalence globale
III.4.6.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
III.4.7. Distribution des souches sécrétrices de BLSE en fonction du germe
III.4.7.1. Prévalence globale
III.4.7.2. Evolution de la prévalence entre 2011 et 2013
Chapitre IV : Discussion
IV.1 S.aureus résistant à la méticilline
IV.2. A. baumannii
IV.3. P. aeruginosa
IV.4. Entérobactérie sécrétrice de bêta-lactamase à large spectre
Chapitre V : Recommandations
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXE
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