Les principales techniques conçues pour l’étude des champignons endophytes

Table des matières

Sommaire
REMERCIEMENTS
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
LISTE DES ABREVIATIONS
CHAPITRE I : Introduction et revue bibliographique
Introduction
Les champignons endophytes : introduction
Origine et évolution
Biologie et écologie
Répartition et abondance au sein des phytotaxons
Rôles écologiques et physiologiques
Classification et diversité
1. groupe des Balansieae
2. les endophytes non-Clavicipitacées
3. les endophytes non-systémiques des Poacées
4. les endophytes des plantes ligneuses pérennes
La colonisation des tissus végétaux
1. les mycoendophytes colonisateurs des feuilles et des pousses
2. les mycoendophytes colonisateurs du phloème
3. les mycoendophytes colonisateurs du xylème
4. les mycoendophytes colonisateurs des racines
La nature de l’interaction Plante / Endophyte
La virulence du partenaire fongique
Les réactions défensives du partenaire végétal
1. la résistance mécanique induite
2. la résistance biochimique induite
Transmission des champignons endophytes
1. transmission verticale
2. transmission horizontale
Le cèdre de l’Atlas : Cedrus atlantica Man
Description de l’espèce
Phénologie et croissance
Aire de répartition
Statut écologique du cèdre de l’Atlas
Altitude
exigences climatiques
exigences édaphiques
Les principales techniques conçues pour l’étude des champignons endophytes
1. Techniques d’isolement simple
milieux de cultures et incubation
2. Techniques d’électrophorèse des protéines et zymogrammes
3. Techniques immunologiques
4. Techniques histologiques
5. Techniques moléculaires
réaction de polymérisation en chaîne (PCR)
polymorphisme de taille des fragments de restriction (RFLP)
polymorphisme de l’ADN amplifié aléatoirement (RAPD)
étude des unités codantes pour l’ARN ribosomique (rRNA)
CHAPITRE II : Matériels et Méthodes
Présentation de la zone d’étude
géologie
pédologie
végétation
climat
Sélection des stations
Collecte des aiguilles
Stérilisation superficielle
Mise en culture
Analyse des données
pourcentage relatif d’occurrence (PRO)
indices de diversité de la mycoflore endophyte détectée
indice de diversité de SHANNON-WEAVER
indice de diversité de SIMPSON
CHAPITRE III : Résultats et Discussion
Mise en évidence des champignons endophytes des aiguilles de cèdre de l’Atlas
Influence de l’âge des aguilles sur le taux d’infection
endophyte
Discussion
Composition générale de la mycoflore endophyte détectée
Discussion
Evaluation de la diversité des mycoendophytes de la zone
étudiée
Etude de la répartition et de la spécificité des mycoendophytes
Discussion
CONCLUSION GENERALE
Références
Annexes