La génétique de conservation

Table des matières

I- INTRODUCTION
I.1.- Contexte général de l’environnement à Madagascar
I.2.- La génétique de conservation
I.3 But, objectif, et résultats attendus
II.METHODES ET MATERIELS 
II.1- Matériels 
II.1.1- Systématique
II.1.2- Indri
II.1.3- Site d’études
II.1.3.1- Les Réserves Spéciales
II.1.3.2- Les Parcs Nationaux
II.1.3.3- Les Forêts Classées
II.2- Méthodes  
II.2.1- Méthodes de capture
II.2.1.1- L’examen médical
II.2.1.2- Prélèvement de l’échantillon
II.2.1.3- Mensurations (Smith et Jungers,1997)
II.2.2- Extraction de l’A.D.N
II.2.2.2 Extraction avec le Phényle : Chloroforme: Isoamylalcool ou P.C.I
II.2.3- Clonages et hybridations
II.2.3.1- Préparation des plasmides
II.2.3.2- Transformation bactérienne
II.2.4- L’amplification en chaîne par polymérase
II.2.4.1- Les différentes étapes de l’Amplification en chaîne par polymérase
II.2.4.2- Les différents constituants de l’amplification en chaîne par polymérase
II.2.4.3- Contrôle des produits obtenus par l’amplification en chaîne par polymérase
II.2.5- Conception de l’amorce ou Primer design
II.2.6- Les amorces
II.2.7- Séquençage
II.2.7.1- La Mitochondrie
II.2.7.2- L’ADN mitochondrial
II.2.7.3- Comment obtient la séquence de l’ADN mitochondrial
II.2.8 La phylogénie et les différents arbres utilisés dans le séquençage
II.2.8.1 Méthode d’alignement des séquences
II.2.8.2 Les différentes méthodes de génération d’arbre
II.2.8.2.1. Les méthodes cladistiques
II.2.8.2.2 Les méthodes phénétiques
II.2.8.3 Fiabilité et robustesse de topologie
II.2.8.4 Analyse phylogénétique
II.2.8.5 Le concept de l’espèce
II.2.9 Génotypage
II.2.9.1 Le microsatellite
II.2.9.2 Comment obtient le microsatellite?
II.2.9.3 Conception de l’amorce spécifique
II.9.4 L’analyse statistique en Génotypage
III. RESULTATS 
III.1 Systématique  
III.1.1 La boucle D ou D- Loop
III.1.1.1 Neighbor joining
III.1.1.2 La méthode de vraisemblance maximum
III.1.1.3 La méthode de parcimonie maximum
III.1.2 Les fragments de Pastorini
III.1.2.1 La méthode Neighbor Joining
III.1.2.2 La méthode de parcimonie maximum
III.1.2.3 La méthode de vraisemblance maximum
III.1.2.4 Conclusion
III.2. Génétique des populations 
III.2.1 Diversité génétique et Hétérozygotie
III.2.1.1) Diversité génétique
III.2.1.2) La Hétérozygotie
III.2.2 Le nombre moyenne d’allèle par loci et la richesse allèlique
III.2.2.1 Nombres d’allèles moyens par loci par population
III.2.2.2 La richesse allèlique
III.2.2.3 Conclusion
III.2.3 Les indices de Wright
III.2.3.1 Le coefficient de consanguinité ou Fis
III.2.3.2 L’indice de fixation ou Fst
III.2.3.3 La structure
III.2.3.4 La migration
III.2.3.5 Conclusion
IV DISCUSSIONS 
IV.1 La systématique
IV.2 La génétique de population
IV.2.1 Hétérozygotie et la diversité génétique
IV.2.2 Nombres moyenne d’allèle et richesse allèlique
IV.2.3 Le Fis et Le Fst
IV.2.4 Migrations
V CONCLUSION GENERALE
V .1 Systématique
V.2 Génétique de Population
BIBLIOGRAPHIE
GLOSSAIRE