Etude du rôle des tiques molles ornithodores dans l’épidémiologie de la PPA

Généralités sur la peste porcine africaine (PPA)

Agent pathogène :L’agent pathogène responsable de la PPA est un virus qui, au microscope électronique apparaît sous forme d’une particule à symétrie icosaédrique (Carrascosa et al, 1984) . Ce virus a longtemps été classé parmi les Iridovirus.

Structure et génome :Les virions de la PPA présentent une structure complexe à plusieurs couches (Carrascosa et
al, 1984) . Ils sont composés d’un cœur de 80 nm contenant le génome du virus au sein d’un nucléide de 30 nm (formant le système de nucléoprotéine), entouré d’une première couche lipidique (double enveloppe interne) puis d’une couche protéique (enveloppe externe)
formant la capside icosaédrique de 170 à 190 nm de diamètre. La capside résulte de l’assemblage de capsomères hexagonaux : 1892 à 2172 capsomères forment une particule virale mûre, c’est-à-dire prête au bourgeonnement des virions. Le diamètre final des virions
est de 175 à 215 nm.

Résistance dans le milieu
Une des caractéristiques fondamentales du virus de la PPA est sa résistance et sa persistance prolongées dans le milieu extérieur et dans les milieux biologiques. Le virus est résistant aux changements de pH qui se produisent pendant la maturation de la viande, d’où sa présence
possible dans les carcasses de porcs contaminés et les produits dérivés.

Théoriquement, le virus est le plus stable entre pH=4 et pH=10. Cependant selon le matériel organique considéré, le pouvoir infectieux du virus peut être encore démontré dans du sérum de porc après 22h à pH = 3,1, après 3 jours à pH= 3,9 et après une semaine à pH =13,4.
Le virus peut résister 15 semaines dans du sang pourri, 11 jours dans des fèces maintenues à température ambiante, 18 mois dans du sang de porc conservé à 4°C, 150 jours dans de la viande désossée gardée à 4°C, et 140 jours dans du jambon sec salé.

Transmission et réplication du virus de la PPA

Le virus de la PPA peut être transmis de porc malade à porc sain  directement par voie orale, nasale, oculaire, par scarification cutanée, par voie intramusculaire, intraveineuse, sous-cutanée ou intra-péritonéale (Penrith et al, 2004) ; (Mc Vicar et al, 1984). Chez l’animal contaminé, le virus est présent dans le sang et toutes autres sécrétions et excrétions (conjonctivales, génitales, urinaires et fécales).Compte tenu de la grande résistance du virus de la PPA dans l’environnement extérieur et dans les milieux biologiques, sa transmission de porc à porc peut aussi avoir lieu indirectement via un vecteur mécanique tel que les locaux, les véhicules, les instruments ou les vêtements souillés (Crucière, 2003 ; Wilkinson, 1989 ; Sanchez-Vizcaino, 1992) ou par la consommation par un porc sain de viande de porc contaminée quelle que soit sa forme et son mode de conservation (Wilkinson, 1989).

Réplication et pathogénie

Plusieurs études sur l’infection aiguë de porcs par le virus de la PPA ont montré que la principale voie de pénétration virale est classiquement la muqueuse pharyngienne et les amygdales. Le virus passe ensuite dans les nœuds lymphatiques rétro-pharyngiens à partir desquels il se dissémine rapidement dans le sang. L’infection généralisée apparaît environ 30 à 48h après l’exposition au virus (Colgrove et al, 1969) et 24 à 48h avant les premiers signes cliniques dus à la virémie. Dans les formes aigües de maladie, la concentration de virus dans le sang peut atteindre 108 HAD50/ml et ceci 72h après l’introduction du virus.

Table des matières

INTRODUCTION
1. La peste porcine africaine ou PPA: une maladie complexe d’importance en santé
animale 
2. Madagascar : un observatoire idéal de la PPA…
3. Projet de thèse sur la PPA à Madagascar
4. Plan général de l’étude
PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
Chapitre 1 : Généralités sur la peste porcine africaine (PPA)
1. Agent pathogène
1.1. Classification
1.2. Structure et génome 
1.3. Résistance dans le milieu
1.4. Transmission et réplication du virus de la PPA
1.4.1. Les différents modes de transmission
1.4.2. Réplication et pathogénie 
1.5. Signes cliniques de la PPA
1.6. Lésions provoquées par la PPA
1.7. Réponse immunitaire et protection chez le porc
1.8. Diagnostic de la PPA
1.8.1. Diagnostic sérologique 
1.8.2. Diagnostic virologique 
1.9. Prophylaxie et prévention de la PPA 
1.10. Répartition géographique et épidémiologie de la PPA
Chapitre 2 : Les réservoirs naturels et les vecteurs biologiques du virus de la PPA
1. Les suidés sauvages 
1.1. Les phacochères (Phacochoerus sp)
1.2. Les potamochères (Potamochoerus sp)
1.3. Les hylochères (Hylochoerus meinertzhangeni)
1.4. Les sangliers (Sus scrofa)
1.5. Cas particulier de Madagascar
2. Les tiques molles du genre Ornithodoros
2.1. Biologie et écologie des tiques ornithodores
2.1.1. Taxonomie et distribution géographique
2.1.2. Cycle de développement
2.1.3. Repas sanguin
2.1.4. Longévité
2.1.5. Habitats
2.1.6. Hôtes 
2.1.7. Conditions climatiques de survie et de développement
2.2. Les tiques molles Ornithodoros et la PPA
2.2.1. Mise en évidence de l’association tique-virus
2.2.2. Interaction entre la tique molle et le virus
2.2.3. Prévalence d’infection chez la tique
2.2.4. Diversification du virus dans la tique
2.2.5. Modes de transmission du virus par la tique 
2.2.5.1. Entre porc domestique et tique 
2.2.5.2. Entre phacochère et tique
2.2.5.3. Entre tiques molles
2.3. Spécificités sur la tique molle malgache Ornithodoros porcinus spp. 
2.3.1. Historique et distribution géographique
2.3.2. Classification et taxonomie
2.3.3. Association au virus de la PPA
DEUXIEME PARTIE : ETUDE DES RÔLES DES HÔTES SAUVAGES DANS L’EPIDEMIOLOGIE DE LA PPA 
Chapitre 1 : Les zones d’étude
1. La zone de Marovoay (Plan régional de développement, 2004, Région de Boeny) 
1.1. Localisation
1.2. Relief, hydrographie et pédologie
1.3. Climat et végétation 
1.4. Agriculture et élevage
1.5. Présence de potamochères et de tiques molles 
2. La zone d’Ambatondrazaka (Plan régional de développement 2004, Région d’Alaotra Mangoro, 2005)
2.1. Localisation
2.2. Relief, hydrographie et pédologie
2.3. Climat et végétation 
2.4. Agriculture
2.5. Pisciculture et élevage
2.6. Présence de potamochères et de tiques molles 
3. La zone d’Arivonimamo (Plan régional de développement, 2004, Région d’Itasy)
3.1. Localisation
3.2. Relief, hydrographie, pédologie et végétation
3.3. Climat 
3.4. Agriculture et élevage
3.5. Présence de potamochères et de tiques molles
Zone de référence pour la présence de tiques: Mahitsy--
Chapitre 2 : Etude du rôle des tiques molles ornithodores dans l’épidémiologie de la PPA à Madagascar
1. Objectifs
2. Matériel et méthode
2.1. La collecte de données
2.1.1. Collecte de tiques dans les porcheries
2.1.1.1. Echantillonnage
2.1.1.2. Méthodes de collecte
2.1.1.3. Mode de conservation des tiques
2.1.2. Description de la structure et des traitements réalisés dans les bâtiments d’élevage
2.2. Les analyses des échantillons et des données
2.2.1. Test sérologique des sérums de porcs domestiques 
2.2.2. Analyse moléculaire des tiques
2.2.2.1. Préparation de l’homogénat
2.2.2.2. Extraction d’ADN 
2.2.2.3. Amplification d’ADN
2.2.3. Analyse phylogénétique 
2.2.4. Analyse statistique des questionnaires aux éleveurs 
3. Résultats
3.1. Présence de la tique O. porcinus spp dans les porcheries malgaches
3.1.1. Tiques collectées d’après le résultat de l’ELISA anti-tique dans les 3 zones d’étude-
3.1.2. Tiques collectées d’après les collectes historiques réalisées dans la zone
d’Antananarivo
3.1.3. Tiques collectées dans les zones de Marovoay et d’Ambatondrazaka où aucune suspicion a priori n’était possible
3.2. Facteurs de présence d’O.porcinus spp dans les porcheries-------------------------------99
3.3. Identification moléculaire et phylogénie d’O. porcinus spp 
3.3.1. Phylogénie de la tique O.porcinus spp 
3.3.2. Détection du virus de la PPA chez O. porcinus spp. 
3.3.2.1. Amplification de l’ADNr 16S de tique
3.3.2.2. Amplification du gène VP72 du virus de la PPA 
4. Discussion 
5. Conclusion 
Chapitre 3 : Etude du rôle de Potamochoerus larvatus dans l’épidémiologie de la PPA à Madagascar
1. Objectifs
2. Matériel et méthode
2.1. Collecte des données
2.1.1. Détermination du nombre d’échantillons de potamochère à étudier 
2.1.2. Collecte des prélèvements 
2.2. Analyses des prélèvements au laboratoire
2.2.1. Analyse virologique par la réaction d’amplification du gène de virus de la PPA
2.2.1.1. Analyse des échantillons de sang sur papiers filtres 3MM et les papiers buvards
FTA de potamochères
2.2.1.2. Analyse d’échantillons de rate de potamochères
2.2.2. Analyse sérologique des sérums de potamochères et de porcs domestiques
2.2.2.1. Tests sérologiques pour la détection d’anticorps dirigés contre le virus de la PPA-
a) Test ELISA utilisant la protéine recombinante 
b) Test ELISA utilisant le kit INGENASA (« blocking ELISA »)
c) Test « Western Blot » ou « immuno-blotting » utilisant la protéine recombinante p30--- 122
2.2.2.2. Tests sérologiques pour la détection de l’anticorps anti-tique O.moubata
3. Résultats
3.1. Résultats d’analyse virologique par PCR des prélèvements de potamochères
3.2. Résultats d’analyse sérologiques des sérums de porcs domestiques et de potamochères
3.2.1. Résultats du test ELISA pour la détection d’anticorps dirigé contre le virus de la PPA chez les potamochères
3.2.2. Résultats du test ELISA pour la détection d’anticorps dirigé contre le virus de la
PPA chez les porcs domestiques
3.2.2.1. Résultat des sérums des porcs domestiques en ELISA utilisant le kit INGENASA 
3.2.2.2. Résultat des sérums des porcs domestiques en ELISA (ALGENEX) utilisant la
protéine recombinante
3.2.2.3. Résultat des sérums des porcs domestiques en « Western Blot » ou « immunoblotting » utilisant la protéine recombinante 
3.2.3. Résultats du test ELISA pour la détection d’anticorps anti- tique O. moubata chez
les porcs et chez les potamochères
4. Discussion 
5. Conclusion 
TROISIEME PARTIE : ANALYSE DE RISQUE DE TRANSMISSION DU VIRUS DE LA PPA AU PORC DOMESTIQUE PAR LES HÔTES SAUVAGES A MADAGASCAR
1. Introduction
1.1. Rappel 
1.2. Définitions
2. Objectifs
3. Méthodologie3.1. L’appréciation de l’émission
3.2. L’appréciation de l’exposition
3.3. L’appréciation de la probabilité de survenue ou émergence du danger 
3.3.1. Principes de croisement des probabilités de l’émission et de l’exposition
3.3.2. Règles pour les probabilités cumulées (AFSSA, 2008) 
3.4. L’appréciation des conséquences 
3.5. L’estimation du risque 
4. Résultats
4.1. Identification du danger et définition du risque -
4.2. Appréciation du risque de transmission du virus de la PPA aux porcs domestiques par les tiques molles 
4.2.1. Construction de modèles événementiels ou « Pathways » d’introduction du virus de la PPA par les tiques molles
4.2.1.1. Modèle événementiel de l’émission 
4.2.1.2. Modèle événementiel de l’exposition
4.2.2. Appréciation de la probabilité d’émission du virus par les tiques molles
4.2.2.1. Probabilité de présence de la tique molle O. porcinus spp dans les zones étudiées-
4.2.2.2. Probabilité d’infection de la tique molle O. porcinus spp 
4.2.2.3. Probabilité pour que la tique molle O. porcinus spp soit infectante
4.2.3. Probabilité de l’exposition du porc au virus via la tique molle 
4.2.3.1. Probabilité pour qu’un porc sain soit en contact avec la tique infectée
4.2.3.2. Probabilité pour qu’un porc sain devienne infecté par la piqure de la tique infectée
4.2.4. Probabilité de survenue du danger par les tiques molles
4.2.5. Conséquences de l’introduction du virus par les tiques molles
4.2.5.1. Les conséquences sanitaires et économiques pour un élevage
4.2.5.2. Les conséquences en terme de diffusibilité de la PPA 
4.2.5.3. Répercussions économiques nationales et/ou internationales
4.2.6. Estimation du risque d’introduction du virus de la PPA par les tiques molles
4.3. Appréciation du risque d’introduction du virus de la PPA chez les porcs domestiques
par les potamochères 
4.3.1. Construction des modèles événementiels d’introduction du virus de la PPA par les
potamochères
4.3.1.1. Modèle événementiel de l’émission
4.3.1.2. Modèle événementiel de l’exposition 
4.3.2. Appréciation de la probabilité de l’émission du virus par les potamochères
4.3.2.1. Probabilité de présence de potamochères dans les zones étudiées
4.3.2.2. Probabilité d’infection du potamochère
4.3.2.3. Probabilité pour que le potamochère soit infectant
4.3.3. Probabilité de l’exposition du porc sain au potamochère infecté
4.3.3.1. Probabilité pour qu’un porc soit en divagation totale
4.3.3.2. Probabilité pour qu’un porc fréquente la forêt 
4.3.3.3. Probabilité de contact entre le potamochère infecté et le porc sain 
4.3.4. Probabilité de survenue du danger
4.3.5. Appréciation des conséquences 
4.3.5.1. Les conséquences sanitaires et économiques pour un élevage
4.3.5.2. Les conséquences en terme de diffusibilité de la PPA 
4.3.5.3. Répercussions économiques nationales
4.3.6. Le risque d’introduction du virus par les potamochères
5. Discussion
6. Conclusion 
DISCUSSION GENERALE 
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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