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Phase d’identification
Les plantes récoltées ont été identifiées sous loupe binoculaire. Les ouvrages de détermination qui ont été utilisés sont La Nouvelle Flore de Bourgogne (Bugnon et al., 1995 ), Flora Vegetativa (Eggenberg et Möhl, 2013) dont la détermination est basée sur des critères végétatifs (utile en l’absence de fleur) en enfin la Nouvelle Flore de la Belgique, du Grand-Duché de Luxembourg, du Nord de la France et des régions voisines (Lambinon et al., 1992).
Pour chacune des espèces, plusieurs graines ont été stockées dans des flacons étiquetés. Les graines ont ensuite été photographiées sous loupe via le logiciel de capture Motic Images.
A la fin de cette étape, 46 espèces de graines ont pu être identifiées et photographiées (liste des espèces par famille mentionnée en Annexe 1).
Cas des graines récoltées antérieurement
Depuis 2012, des échantillons de sédiments sont collectés pendant l’été sur les îles de Mareau-aux-Prés ainsi que sur différents sites de Loire moyenne entre la région de Nevers et celle d’Angers (Meheust, 2017) dans le but d’étudier la banque de graine présente.
Pour collecter ces échantillons, des carottages de sédiments sont effectués sur des quadrats de 1m² sur les différents sites échantillonnés.
Les carottages sont effectués sur les cinq premiers centimètres du sol et concernent uniquement les sédiments fins de type limon, sable et gravier fin (dans le cas de substrats plus grossiers, la surface échantillonnée est augmentée). L’ensemble des carottes d’un même quadrat est mélangé dans un sachet plastique fermé et étiqueté suivant un numéro de site (Chevalier et al., 2016).
Tri des échantillons et détermination
Après collecte, les échantillons sont tamisés et filtrés puis un premier tri est réalisé sous loupe binoculaire afin d’isoler les graines supposées.
Les graines qui étaient encore viables et peu abimées ont ainsi pu être identifiées (essentiellement avec l’atlas en ligne « Digital Seed Atlas from the Netherlands » (Cappers et al., 2012)) et conservées dans des flacons étiquetés. Plusieurs graines trouvées dans les échantillons de sédiments sont restées non-identifiées faute d’ouvrages de détermination géographiquement adaptés. Les graines récoltées depuis 2012 correspondent à des espèces relativement similaires à celles collectées pendant l’automne 2017 (voir 0).
Graines prises en compte pour la réalisation de la clé
Afin d’obtenir une clé de détermination la plus exhaustive possible, les graines récoltées cette année, ainsi que les graines récoltées depuis 2012 ont été regroupées et placées dans la clé. Ce choix est cohérent dans la mesure où il concerne le même type de végétation (végétation de grève et plaine alluviale) et que les graines ont toutes été récoltées sur des sites de Loire moyenne. Les graines de 46 espèces ont été récoltées, s’ajoutant aux 39 espèces de graines récoltées antérieurement, depuis 2012. La suppression des doublons a permis d’exploiter un ensemble de 77 espèces de graines (espèces exclusivement herbacées).
Photographies utilisées pour la clé
Les graines récoltées cette année (octobre 2017) ont pu être photographiées sous loupe binoculaire sur du papier millimétré afin d’avoir une idée de la taille des graines. Un carré représente 1mm (Figure 11).
Le logiciel de capture utilisé a montré ses limites dans le cas de graines très petites ou nécessitant des critères précis. Dans ces cas là, des photos, plus précises et plus nettes trouvées sur internet ont été utilisées.
Les graines récoltées antérieurement n’ont pas pu être récupérées (je ne disposais que des noms des graines). Les photos apparaissant dans la clé sont donc issues de l’atlas en ligne (Cappers et al., 2012) ou d’autres sites internet. Malheureusement, l’échelle de taille n’est pas mentionnée pour ces photos.
Tri des échantillons de sédiments
L’étude de la banque de graines s’est faite au laboratoire par la méthode de « seed extraction » cette méthode s’est déjà révélée efficace pour les milieux aquatiques et humides comme les grèves (Mcfarland & Shafer 2011 ; Price et al. 2010 ; Bernhardt et al. 2008 ; Gross 1990).
Chaque échantillon est initialement passé à travers 3 tamis (1mm, 0.2mm et 0.125mm) afin de séparer celui-ci en plusieurs fractions et faciliter la détection des graines par la suite. Les sédiments tamisés sont ensuite déposés par fraction de 200g dans un récipient contenant 600mL d’eau. Il s’agit de remanier les sédiments dans l’eau afin que les graines ou fractions végétales, moins denses, remontent à la surface. L’opération est répétée plusieurs fois jusqu’à ce qu’il n’y ait plus de particules dans le surnageant. Celui-ci est filtré puis mis à sécher pour être finalement observé sous loupe binoculaire et pouvoir isoler les graines des autres particules.
Les graines isolées sont ensuite déterminées à l’aide de la clé réalisée dans la partie 1 et de l’ouvrage de Cappers et al. (2012).
Composition de la banque de graines.
L’inventaire de l’ilot C en 2016 a permis de recueillir un total de 1433 graines réparties au sein de 35 taxons. Les espèces les plus observées ont été Thymus serpyllum, Portulaca oleracea, Corrigiola littoralis et enfin Polygonum lapathifolium. Les poacées, les cypéracées, les amaranthacées et les polygonacées étaient les familles les plus représentées (DIOUF, 2017). On retrouve donc, entre les 2 Ilots des espèces relativement semblables. Portulaca oleracea (Figure 97) et Corrigiola littoralis (Figure 98) semblent dominer dans les différents prélèvements et les espèces présentes appartiennent majoritairement à la famille des Poacées.
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Table des matières
Table des figures
Table des tableaux
Introduction
Partie 1 : Réalisation d’un outil d’aide à la détermination sur les graines de la végétation alluviale de Loire moyenne
I- Matériel et méthode
1. Présentation de la zone d’étude et site de Mareau-aux-Prés
2. Protocoles de collecte des graines
2.1. Phase de terrain
2.2. Phase d’identification
2.3. Cas des graines récoltées antérieurement
3. Graines prises en compte pour la réalisation de la clé
II- Réalisation de la clé de détermination
1. Principe d’une clé de détermination
2. Méthode utilisée pour réaliser la clé
III- Clé de détermination
IV- Discussion et perspectives
Partie 2 : Analyse de la banque de graine d’échantillons prélevés sur l’îlot B et comparaison avec l’îlot C
I- Matériel et méthode
1. Travail de terrain
2. Tri des échantillons de sédiments
II- Résultats obtenus
1. Composition floristique des placettes de l’îlot B
2. Comparaison de la banque de graines de l’Ilot C et de l’Ilot B
2.1. Composition de la banque de graines.
2.2. Comparaison de la densité de graines
III- Discussion
1. Banque de graines de l’Ilot B
2. Comparaison de la banque de graines de l’Ilot B et l’Ilot C
Retour sur l’utilisation de la clé de détermination :
Conclusion
Bibliographie
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