La pathogénie du PPRV (virus de la peste des petits ruminants)

Table des matières

1 Introduction
1.1 Le contexte
1.2 Problématique
1.3 Hypothèses et questions de recherche
1.4 Objectifs
1.5 Méthodologie
2 Synthèse bibliographique PPR
2.1 Généralité sur la Peste des Petits Ruminants
2.1.1 La peste des petits ruminants
2.1.2 Etendue géographique de la maladie
2.1.3 Le virus de la peste des petits ruminants
2.1.4 Le cycle viral
2.1.5 Les signes cliniques de la maladie – le Pouvoir pathogène
2.1.6 Le diagnostic de la PPR
2.1.7 Epidémiologie, Hôtes et Transmission
2.1.8 Les moyens de traitement et de prévention
2.2 La répartition géographique
2.3 L’élevage et le commerce de petits ruminants au Mali et en Afrique de l’Ouest
2.3.1 L’élevage des petits ruminants
2.3.2 Le flux de commerce des petits ruminants
2.4 Etat des connaissances sur la biologie évolutive de PPRV qui sous-tendent la propagation de la maladie
3 PCR en temps réel asymétrique basé sur le gène M du PPRV pour le diagnostic et la différenciation des lignées du virus
3.1 Introduction
3.2 Matériels et méthodes
3.2.1 Utilisation du gène M du PPRV pour le diagnostic de la PPR
3.2.2 Génotypage du PPRV par analyse de séquence
3.3 Résultats
3.3.1 Génotypage par analyse de séquences
3.3.2 Génotypage par PCR en temps réel asymétrique
3.4 Discussion
4 Etude de la diversité génétique du PPRV au Niger
4.1 Introduction
4.2 First genetic characterization of Peste des Petits Ruminants (PPR) from Niger: On the advancing front of the Asian virus lineage
4.3 Discussion
5 Répartition et diversité génétique du PPRV au Mali et d’autres pays de l’Afrique de l’Ouest
5.1 Introduction
5.2 Matériels et méthodes
5.2.1 La collecte du matériel biologique
5.2.2 Les analyses de laboratoires
5.3 Résultats
5.3.1 Description de foyers
5.3.2 Le profil du test multiplex
5.3.3 Isolement du PPRV
5.3.4 La RT-PCR et le Profil électrophorétique des produits de PCR
5.3.5 Les séquences et l’analyse de l’arbre phylogénétique basé sur 255 nucléotides du gène N 82
5.3.6 Analyse phylogénétique détaillée des souches du Mali
5.4 Discussion
6 Etude génomique de la diversité des souches de PPRV au Mali et dans d’autres pays d’Afrique de l’Ouest
6.1 Introduction
6.2 Matériels et méthodes
6.2.1 Séquençage par amplification aléatoire (SISPA)
6.2.2 Séquençage par amplification spécifique.
6.2.3 Les analyses phylogénétiques et de datations moléculaires à partir des génomes complets et incomplets
6.3 Les résultats
6.3.1 Le séquençage du génome complet par amplification aléatoire (SISPA)
6.3.2 Le séquençage du génome complet par la méthode d’amplifications spécifique
6.3.3 La phylogénie avec les génomes complets et incomplets
6.3.4 Les analyses de datations moléculaires à partir des génomes complets et génomes incomplets
6.4 Discussion
7 Discussion générale – Conclusion Perspective
8 Bibliographie