PFE & RAPPORT ETUDE DES MECANISMES DE RESISTANCE A L’IMIPENEME DES SOUCHES D’Acinetobacter baumannii ISOLEES A ANTANANARIVO PDF
A. INTRODUCTION
ETUDE BIBLIOGRAPHIQUE
I. ACINETOBACTER
I.1. Systématique
I.2. Habitat
I.3. Caractères bactériologiques
I.4. Acinetobacter baumannii
II. IMIPENEME
III. RESISTANCE
B. MATERIELS ET METHODES
I. Souches
II. Identification
• Coloration Gram
1. Principe
2. Mode opératoire
• Etude de type respiratoire
1. Principe
2. Mode opératoire
• Test à l’oxydase
1. Principe
2. Mode opératoire
• Identification par API 20 E
1. Principe
2. Mode opératoire
3.1. Préparation de l’inoculum
3.2. Inoculation de la galerie API 20 E
III. Etude de la sensibilité aux antibiotiques. Concentration minimale inhibitrice de l’imipénème
1. Principe
2. Préparation des dilutions d’imipénème
3. Réalisation de CMI
IV. Etude de mécanismes de résistance
IV.1. Etudes phénotypiques
1. Recherche de la production de métallo-β-lactamases (MBL)
1.1. Principe
1.2. Mode opératoire
a) Préparation des disques d’EDTA
b) Préparation d’inoculum
c) Ensemencement
d) Dépôt des disques
e) Lecture
2. Recherche d’imperméabilité ou d’hyperproduction de céphalosporinase
2.1. principe
2.2. Mode opératoire
a) Préparation de milieu MH avec cloxacilline
b) Préparation d’inoculum
c) Ensemencement
d) Dépôt des disques
e) Lecture
3. Recherche de β-lactamase à spectre élargi (BLSE)
3.1. Principe
3.2. Mode opératoire
a) Préparation d’inoculum
b) Ensemencement
c) Dépôt des disques
d) Lecture
IV.2. Etudes génotypiques
1. Extraction d’ADN chromosomiques
2. 1.1 Mode opératoire
3. Recherche de gènes de résistance par PCR
3.1. Principe de la PCR
3.2. Amorces utilisées
3.3. Préparation de mix
2.4. Ajout d’ADN
2.5. Amplification
2.6. Détection des amplicons par électrophorèse
• Préparation de gel d’agarose et coulage
• Préparation des échantillons
• Dépôt des échantillons et du marqueur de taille
• Migration
• Révélation
3. Etude de clonalité par REP-PCR
2.1. Principe
2.2. Paire d’amorces utilisées
2.3. Préparation de mix
2.4. Ajout d’ADN
2.5. Amplification
2.6. Détection des amplicons par électrophorèse
• Préparation de gel d’agarose et coulage
• Préparation des échantillons
• Dépôt des échantillons et du marqueur de taille
• Migration
• Révélation
4. Séquençage
C. RESULTATS
I. Identification
II. Etude de la sensibilité aux antibiotiques. Valeurs des CMI pour l’imipénème
III. Etude phénotypique de mécanisme de résistance
1. Recherche de métallo-β-lactamases
2. Recherche d’hyperproduction de céphalosporinase
3. Recherche de BLSE
IV. Etude génotypique de mécanisme de résistance
1. Recherche de gènes de résistance par PCR et séquençage
1.1. Gènes de céphalosporinase naturelle, des carbapénèmases et de séquence d’insertion
1.2. Gènes de métallo- β-lactamases
2. Etude de clonalité par REP-PCR
D. DISCUSSION
E. CONCLUSION ET PERSPECTIVES
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Les souches d’Acinetobacter ont développé, à partir des années 70 – 80, de multiples mécanismes de résistance vis-à-vis des antibiotiques et ont pris une place importante parmi les bactéries multirésistantes responsables d’infections nosocomiales (infections contractées à l’hôpital) et plus particulièrement de bouffées épidémiques hospitalières, notamment chez des patients affaiblis (traumatismes multiples, cancer, immunodépression…) (Joly-Guillou, 2006 ; Bouvet et Joly-Guillou, 2007 ; Euzéby, 2009).
Ainsi, ces bactéries sont responsables de septicémies, de méningites, d’endocardites, de suppurations (abcès du cerveau, abcès du poumon, abcès de la thyroïde, surinfection des plaies d’origine traumatique ou chirurgicale, lésions purulentes de l’œil…), de pneumopathies, d’infections urinaires…
